User:Alexis Zhang/沙盒/蒺藜苜蓿

蒺藜苜蓿
保护状况
	; 无危（IUCN 3.1）
科学分类
界：	植物界 Plantae
演化支：	维管植物 Tracheophyta
演化支：	被子植物 Angiosperms
演化支：	真双子叶植物 Eudicots
演化支：	蔷薇类植物 Rosids
目：	豆目 Fabales
科：	豆科 Fabaceae
亚科：	蝶形花亚科 Faboideae
属：	苜蓿属 Medicago
种：	蒺藜苜蓿 M. truncatula
二名法
	Medicago truncatula; Gaertn.
異名
	Medicago tribuloides Desr.; Medicago tribuloides var. breviaculeata Moris; Medicago truncatula var. breviaculeata (Moris) Urb.; Medicago truncatula var. longiaculeata Urb.; Medicago truncatula var. tribuloides (Desr.) Burnat; Medicago truncatula f. tricycla Nègre; Medicago truncatula var. tricycla (Nègre) Heyn

蒺（jí）藜（lí）苜（mù）蓿（xu）（学名：Medicago truncatula）为一年生荚果植物，原产于地中海地区。可用于基因组研究。其植株低矮，呈三叶草状，高10至60 公分，有三片圆形叶。叶长1至2 公分，中心通常有一个黑点。花是黄色的，单生或两到五个花序生；果实是一个小的多刺荚。

由于该物种具有小的二倍体基因组，有自育能力，生长时间短，种子产量高，易于遗传转化，并已对其基因组进行了测序，因此它被认为是豆科生物学的模式生物^[2]。

它可以与固氮根瘤菌或丛枝菌根真菌（包括不规则根瘤菌）形成共生体。又因模式植物拟南芥不会与上述真菌形成共生关系，这使它成为研究这些过程的重要工具。

它也是澳大利亚重要的饲料作物。

基因组测序[编辑]

2011年，《自然》杂志发表了蒺藜苜蓿A17品种的基因组序列草案^[2]。

该测序工作由研究实验室的国际合作伙伴进行，其研究人员来自奥克拉荷马大学（美国），克雷格·文特尔研究所（美国），法国国家测序中心（法国），以及维康桑格研究所（英国）。合作机构包括明尼苏达大学（美国）,加利福尼亚大学戴维斯分校（美国）,国家基因组资源中心（美国），约翰·英尼斯中心（英国），国立农学研究所（法国），慕尼黑蛋白质序列信息中心（德国），瓦赫宁恩大学（荷兰），以及根特大学（比利时）。Medicago truncatula测序协会始于2001年塞缪尔·罗伯茨·诺布尔基金会的种子拨款。2003年，国家科学基金会和欧盟第六框架计划，开始提供大部分资金。到2009年，已经完成了84％的基因组组装^[3]。

其基因组序列的组装，以细菌人工染色体（BACs）为载体。这与对人类、黑腹果蝇和拟南芥的基因组测序方法相同。 2013年7月，该基因组的4.0版发布^[4] 。该版本结合了鸟枪法获得的序列与基于BAC的序列集，有助于填补先前映射序列中的空白。

与此同时，国际苜蓿基因注释小组（IMGAG）负责识别和描述基因组序列中的推定基因序列。

拓展阅读 [编辑]

基因組學

参考资料[编辑]

^ Rhodes, L. Medicago truncatula. The IUCN Red List of Threatened Species (IUCN). 2016, 2016: e.T176489A19401776. doi:10.2305/IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en.
^ ^2.0 ^2.1 Young, Nevin D.; Debellé, Frédéric; Oldroyd, Giles E. D.; Geurts, Rene; Cannon, Steven B.; Udvardi, Michael K.; Benedito, Vagner A.; Mayer, Klaus F. X.; Gouzy, Jérôme; Schoof, Heiko; Van de Peer, Yves; Proost, Sebastian; Cook, Douglas R.; Meyers, Blake C.; Spannagl, Manuel; Cheung, Foo; De Mita, Stéphane; Krishnakumar, Vivek; Gundlach, Heidrun; Zhou, Shiguo; Mudge, Joann; Bharti, Arvind K.; Murray, Jeremy D.; Naoumkina, Marina A.; Rosen, Benjamin; Silverstein, Kevin A. T.; Tang, Haibao; Rombauts, Stephane; Zhao, Patrick X.; Zhou, Peng; Barbe, Valérie; Bardou, Philippe; Bechner, Michael; Bellec, Arnaud; Berger, Anne; Bergès, Hélène; Bidwell, Shelby; Bisseling, Ton; Choisne, Nathalie; Couloux, Arnaud; Denny, Roxanne; Deshpande, Shweta; Dai, Xinbin; Doyle, Jeff J.; Dudez, Anne-Marie; Farmer, Andrew D.; Fouteau, Stéphanie; Franken, Carolien; Gibelin, Chrystel; Gish, John; Goldstein, Steven; González, Alvaro J.; Green, Pamela J.; Hallab, Asis; Hartog, Marijke; Hua, Axin; Humphray, Sean J.; Jeong, Dong-Hoon; Jing, Yi; Jöcker, Anika; Kenton, Steve M.; Kim, Dong-Jin; Klee, Kathrin; Lai, Hongshing; Lang, Chunting; Lin, Shaoping; Macmil, Simone L.; Magdelenat, Ghislaine; Matthews, Lucy; McCorrison, Jamison; Monaghan, Erin L.; Mun, Jeong-Hwan; Najar, Fares Z.; Nicholson, Christine; Noirot, Céline; O’Bleness, Majesta; Paule, Charles R.; Poulain, Julie; Prion, Florent; Qin, Baifang; Qu, Chunmei; Retzel, Ernest F.; Riddle, Claire; Sallet, Erika; Samain, Sylvie; Samson, Nicolas; Sanders, Iryna; Saurat, Olivier; Scarpelli, Claude; Schiex, Thomas; Segurens, Béatrice; Severin, Andrew J.; Sherrier, D. Janine; Shi, Ruihua; Sims, Sarah; Singer, Susan R.; Sinharoy, Senjuti; Sterck, Lieven; Viollet, Agnès; Wang, Bing-Bing; Wang, Keqin; Wang, Mingyi; Wang, Xiaohong; Warfsmann, Jens; Weissenbach, Jean; White, Doug D.; White, Jim D.; Wiley, Graham B.; Wincker, Patrick; Xing, Yanbo; Yang, Limei; Yao, Ziyun; Ying, Fu; Zhai, Jixian; Zhou, Liping; Zuber, Antoine; Dénarié, Jean; Dixon, Richard A.; May, Gregory D.; Schwartz, David C.; Rogers, Jane; Quétier, Francis; Town, Christopher D.; Roe, Bruce A. The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses. Nature. 16 November 2011, 480 (7378): 520–524. PMID 22089132. doi:10.1038/nature10625.
^ http://www.medicago.org/genome/genome_stats.php^{[永久失效連結]}
^ JCVI: Medicago / Home. [20 February 2017]. （原始内容存档于10 November 2013）.

参考文献[编辑]

Courty, Pierre Emmanuel; Smith, Penelope; Koegel, Sally; Redecker, Dirk; Wipf, Daniel. Inorganic Nitrogen Uptake and Transport in Beneficial Plant Root-Microbe Interactions. Critical Reviews in Plant Sciences. 1 June 2015, 34 (1–3): 4–16. doi:10.1080/07352689.2014.897897.

外部链接[编辑]

The Medicago truncatula Consortium
Medicago truncatula Hapmap Project
TIGR's link to Genome Browser and Gene Index
The Medicago Gene Expression Atlas at Samuel Roberts Noble Foundation
Medicago truncatula eFP Browser Viewer for gene expression data from the Medicago Gene Expression Atlas project, at the Provart Lab's Bio-Array Resource website
INRA Medicago truncatula Stock Center – France
Choi, Hong-Kyu; Mun, Jeong-Hwan; Kim, Dong-Jin; Zhu, Hongyan; Baek, Jong-Min; Mudge, Joanne; Roe, Bruce; Ellis, Noel; Doyle, Jeff; Kiss, Gyorgy B.; Young, Nevin D.; Cook, Douglas R. Estimating genome conservation between crop and model legume species. Proceedings of the National Academy of Sciences. 26 October 2004, 101 (43): 15289–15294. doi:10.1073/pnas.0402251101.
Young, Nevin D.; Cannon, Steven B.; Sato, Shusei; Kim, Dongjin; Cook, Douglas R.; Town, Chris D.; Roe, Bruce A.; Tabata, Satoshi. Sequencing the Genespaces of Medicago truncatula and Lotus japonicus. Plant Physiology. 1 April 2005, 137 (4): 1174–1181. doi:10.1104/pp.104.057034.
NCGR
European Research Programmes on the model legume Medicago truncatula
Why sequence medicago truncatula?

[iucn-1] Rhodes, L. Medicago truncatula. The IUCN Red List of Threatened Species (IUCN). 2016, 2016: e.T176489A19401776. doi:10.2305/IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en.

[Young-2] 2.0 ^2.1 Young, Nevin D.; Debellé, Frédéric; Oldroyd, Giles E. D.; Geurts, Rene; Cannon, Steven B.; Udvardi, Michael K.; Benedito, Vagner A.; Mayer, Klaus F. X.; Gouzy, Jérôme; Schoof, Heiko; Van de Peer, Yves; Proost, Sebastian; Cook, Douglas R.; Meyers, Blake C.; Spannagl, Manuel; Cheung, Foo; De Mita, Stéphane; Krishnakumar, Vivek; Gundlach, Heidrun; Zhou, Shiguo; Mudge, Joann; Bharti, Arvind K.; Murray, Jeremy D.; Naoumkina, Marina A.; Rosen, Benjamin; Silverstein, Kevin A. T.; Tang, Haibao; Rombauts, Stephane; Zhao, Patrick X.; Zhou, Peng; Barbe, Valérie; Bardou, Philippe; Bechner, Michael; Bellec, Arnaud; Berger, Anne; Bergès, Hélène; Bidwell, Shelby; Bisseling, Ton; Choisne, Nathalie; Couloux, Arnaud; Denny, Roxanne; Deshpande, Shweta; Dai, Xinbin; Doyle, Jeff J.; Dudez, Anne-Marie; Farmer, Andrew D.; Fouteau, Stéphanie; Franken, Carolien; Gibelin, Chrystel; Gish, John; Goldstein, Steven; González, Alvaro J.; Green, Pamela J.; Hallab, Asis; Hartog, Marijke; Hua, Axin; Humphray, Sean J.; Jeong, Dong-Hoon; Jing, Yi; Jöcker, Anika; Kenton, Steve M.; Kim, Dong-Jin; Klee, Kathrin; Lai, Hongshing; Lang, Chunting; Lin, Shaoping; Macmil, Simone L.; Magdelenat, Ghislaine; Matthews, Lucy; McCorrison, Jamison; Monaghan, Erin L.; Mun, Jeong-Hwan; Najar, Fares Z.; Nicholson, Christine; Noirot, Céline; O’Bleness, Majesta; Paule, Charles R.; Poulain, Julie; Prion, Florent; Qin, Baifang; Qu, Chunmei; Retzel, Ernest F.; Riddle, Claire; Sallet, Erika; Samain, Sylvie; Samson, Nicolas; Sanders, Iryna; Saurat, Olivier; Scarpelli, Claude; Schiex, Thomas; Segurens, Béatrice; Severin, Andrew J.; Sherrier, D. Janine; Shi, Ruihua; Sims, Sarah; Singer, Susan R.; Sinharoy, Senjuti; Sterck, Lieven; Viollet, Agnès; Wang, Bing-Bing; Wang, Keqin; Wang, Mingyi; Wang, Xiaohong; Warfsmann, Jens; Weissenbach, Jean; White, Doug D.; White, Jim D.; Wiley, Graham B.; Wincker, Patrick; Xing, Yanbo; Yang, Limei; Yao, Ziyun; Ying, Fu; Zhai, Jixian; Zhou, Liping; Zuber, Antoine; Dénarié, Jean; Dixon, Richard A.; May, Gregory D.; Schwartz, David C.; Rogers, Jane; Quétier, Francis; Town, Christopher D.; Roe, Bruce A. The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses. Nature. 16 November 2011, 480 (7378): 520–524. PMID 22089132. doi:10.1038/nature10625.

[3] ttp://www.medicago.org/genome/genome_stats.php^{[永久失效連結]}

[4] JCVI: Medicago / Home. [20 February 2017]. （原始内容存档于10 November 2013）.

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