慈元殿，位於中國廣東省江門市新會區古井鎮官沖村崖山。慈元殿碑刻位於殿內。
南宋祥興元年（1278年），宋將張世傑擁宋少帝駐崖山。立正殿名慈元殿，是楊太后議政居住的地方。南宋亡後，崖山行宮成廢墟。1491年，陳獻章建議布政使劉大夏奏請建慈元殿於崖山，以紀念楊太后。弘治七年（1494年），慈元殿竣工。1941年，日軍侵佔新會地區，慈元殿受破壞，成廢墟。1959年，重建慈元殿。
1979年，列入新會縣文物保護單位，今為新會區文物保護單位。
